Sempadan Malaysia – Filipina ialah sempadan maritim yang terletak di Laut China Selatan, Sulu dan Celebes . Ia memisahkan negeri Sabah di Malaysia, yang terletak di pulau Borneo, dan Kepulauan Sulu di selatan Filipina.Sempadan itu adalah hasil pembahagian Kesultanan Sulu melalui penyerahan wilayahnya kepada kuasa penjajah. British menguasai pantai timur laut Borneo, yang dikenali sebagai Borneo Utara dan seterusnya Sabah, manakala seluruh Kepulauan Sulu jatuh di bawah kawalan Sepanyol dan kemudiannya pemerintahan Amerika Syarikat. Filipina masih secara rasmi menuntut bahagian timur Sabah sebagai sebahagian daripada wilayahnya, dengan alasan kesahihan penyerahan oleh waris Sultan Sulu. [1], walaupun sudah dijelaskan pada Perjanjian 1903, mengenai pengesahan Penyerahan Sabah (Borneo Utara), yang dilakukan oleh Sultan Sulu kepada British.[2][3]Malaysia dan Filipina juga merupakan pihak dalam tuntutan multinasional ke atas Kepulauan Spratly dan kedua-dua negara mempunyai tuntutan bertindih ke atas beberapa pulau di kawasan Nusantara.Hubungan sejarah penduduk yang tinggal di kedua-dua belah sempadan telah menyebabkan sempadan menjadi sangat berliang, dengan banyak pendatang haram dari Filipina ke Malaysia berlaku. Sempadan berliang itu juga mengakibatkan beberapa insiden serbuan rentas sempadan dan penculikan oleh kumpulan bersenjata dari Filipina ke atas bandar dan pusat peranginan Malaysia di beberapa kawasan di pantai timur Sabah.